博士班的訓練主要是提供成為獨立研究的必要技能，不論未來在學術或產業界都能應用的能力。課程目標主要發展方法和技術上的專業，得以應用在多元的腦科學相關產業，此能力基礎能協助學生面對不同研究領域，規畫並執行強而有力的研究。
博士班課程設計分成兩階段，第一階段主要是方法和嚴謹概念建立，而第二階段著重在發展學生的研究計畫，並執行該研究領域知識貢獻之實驗。這一系列的研究成果會撰寫成論文並經歷審查過程，通常也會發表到同儕審查期刊。
我們堅信友善並互相扶持的環境對於師生的學習是重要的後盾，互相扶持的友善環境能促使人們對自己的研究負起相對應的責任。我們非常榮幸有這機會歡迎來自世界各地、不同領域背景的人加入，一起創造多元且兼容並蓄的研究環境。
•教育目標
一、整合哲學、生理學與心理學，培養具備跨領域心智意識研究動機之青年才俊
二、培育具備尖端神經影像專精研究技術之心智意識科學研究人才
三、透過臨床實務經驗，引導學員關懷大眾健康議題，並將所學貢獻於社會國家
本學程規定應修滿至少31學分，以取得本校心腦與意識研究暨博士學位學程學位。
課程規劃分為核心必修共22學分；選修9學分。
博士班研究生得選修本校其他系所相關課程，須經指導教授同意依研究領域需求修習，最多採計6學分。
