本所碩士班課程設計著重在傳授腦科學相關專業知識和研究技術，讓學生在面對未來多變的環境中，亦能將所學能力，包涵批判性思考、資料科學、和有效的溝通技巧，轉換並應用在腦科學相關領域。
兩年的課程設計涵蓋兩項重要元素: 專業知識和方法。第一年著重在修習課程，而第二年著重在個人研究計畫的執行。
為了進一步累積學生的專業知識和經驗分享能力，我們推行新生實驗室蹲點、研究所專題討論、和每周舉辦師生研究交換討論活動。在研究所專題討論中，我們邀請世界專家來演講，學生們也能講者互動並表達自己的觀點。每周舉辦師生研究交換討論活動中，教師和學生一起討論目前研究想法和新的實驗結果，從彼此觀點中學習改善實驗的方式。
我們堅信友善並互相扶持的環境對於師生的學習是重要的後盾，互相扶持的友善環境能促使人們對自己的研究負起相對應的責任。我們非常榮幸有這機會歡迎來自世界各地、不同領域背景的人加入，一起創造多元且兼容並蓄的研究環境。
•教育目標
一、整合哲學、生理學與心理學，培養具備跨領域心智意識研究動機之青年才俊
二、培育具備尖端神經影像專精研究技術之心智意識科學研究人才
三、透過臨床實務經驗，引導學員關懷大眾健康議題，並將所學貢獻於社會國家
本碩士班規定應修滿至少34學分，以取得本校心腦與意識研究所碩士學位。
課程規劃分為核心必修共22學分；選修12學分。
碩士班研究生得選修本校其他系所相關課程，須經指導教授同意依研究領域需求修習，最多採計6學分。
